Creio que seja para liberar as vias respiratórias das sujeiras que se acumulam ao longo da gestação.
O bebê, na barriga da mãe, fica submerso no líquido amniótico, não respira pelas narinas, mas sim, pelo cordão umbilical. Com sua saída, nascimento, é necessário que ele inicie uma respiração pelos pulmões, então, a natureza criou um mecanismo em que os bebês choram ao nascer, assim, abrem as vias, esôfago, laringe, faringe, que fazem parte da respiração e deglutição.
Casos em que o bebê não chora, é necessária uma lavagem nas vias aéreas, pois mostra que o bebê sente dificuldades na respiração. Embora o choro saia da boca, as vias de respiração e deglutição são as mesmas.
Creio que seja também por isso, que o bebê é pego de ponta cabeça, para que os resíduos desçam com a gravidade, facilitando a respiração do bebê.